Το 1530 η Πορτογαλία ξεκίνησε την αποικιοκρατική της εκστρατεία στην Βραζιλία. Μια από της πρώτες κινήσεις ήταν η αιχμαλωσία του τοπικού πληθυσμού για την εξασφάλιση εργατικών χεριών. Ωστόσο, η προσπάθεια με τους ντόπιους απέτυχε. Οι Βραζιλιάνοι ιθαγενείς δεν ήταν συνηθισμένοι στην σκληρή δουλειά και την κακομεταχείριση, ενώ οι ασθένειες που τους μεταδόθηκαν από τους Πορτογάλους, ήταν τις περισσότερες φορές θανατηφόρες. Λύση στο πρόβλημα των λιγοστών εργατικών χεριών έφερε η εισαγωγή σκλάβων από την Αφρική, αρχικά κατά εκατοντάδες και στη συνέχεια κατά χιλιάδες. Με την αναγκαστική μεταφορά τους στη Βραζιλία οι Αφρικανοί σκλάβοι έφεραν μαζί τους όλα εκείνα που συνέθεταν μαι ζωντανή παράδοση (ήθη, έθιμα, θρησκεία, χοροί, διατροφικές συνήθειες) - πολύ διαφορετική από την "ανώτερη" ευρωπαϊκή. Η πραγματικότητα των αφρικανών σκλάβων στη νέα γη ήταν δύσκολη. Εγκαταστάθηκαν στα senzala που βρίσκονταν δίπλα στις φυτείες. Εξοντωτικές εργασίες, βαρβαρότητες και κακομεταχείριση οδήγησαν αρκετούς στη φυγή, την αυτοκτονία ακόμα και την επανάσταση.
Με τις ολλανδικές αποικιοκρατικές αρχές χαλαρότερες, οι σκλάβοι βρήκαν ευνοϊκές τις συνθήκες για μαζικότερα κύματα φυγής από τις φυτείες. Έτσι δημιουργήθηκαν τα quilombos. Επρόκειτο για οργανωμένες κοινότητες σκλάβων φυγάδων που βρίσκονταν σε στρατηγικά σημεία, κρυμμένα στα τροπικά δάση της Βραζιλίας. Εκεί ζούσαν ελεύθεροι αναβιώνοντας την πλούσια παράδοση των προγόνων τους. Το πιο σημαντικό από τα quilombos ήταν αυτό του ‘Palmares’ (1604 – 1695). Η φυγή και το εξεγερμένο πνεύμα των σκλάβων οδήγησε πολλούς από τους senhores (αφέντες) να θέτουν υπό στενή παρακολούθηση τις δραστηριότητες των εξεγερμένων μαύρων. Στην προσπάθεια τους να μην γίνει φανερή η πατροπαράδοτη πολεμική τους τέχνη, οι σκλάβοι χρησιμοποίησαν μουσική και αλληγορικές κινήσεις για να μεταμφιέσουν την εξάσκηση της Capoeira. Έτσι επιβίωσε έως τις ημέρες μας.
Το 1889 με την κατάργηση της δουλείας, οι πρώην σκλάβοι κατευθύνθηκαν στις πόλεις, όπου αφενός λόγω της ανεργίας και αφετέρου λόγω των φυλετικών διακρίσεων, περιθωριοποιήθηκαν. Η Capoeira ταυτίστηκε με εγκληματικές ενέργειες και εξεγέρσεις μαύρων, πίσω από τις οποίες, όμως, δεν έλειπαν πολιτικοί δάκτυλοι και σκοπιμότητες. Στα 1900 περίπου η κατάσταση είχε εκτροχιαστεί με αποτέλεσμα οι αρχές των πόλεων Rio de Janeiro, Salvador και Recife να εγκρίνουν σχετική νομοθεσία που καταδίκαζε οποιονδήποτε ασκούσε την τέχνη της Capoeira.
Το Salvador (η πρωτεύουσα της πολιτείας της Bahia) υπήρξε η πατρίδα της Capoeira και τόπος γέννησης μερικών από τους σημαντικότερους Mestres (δασκάλους), όπως ο Mestre Pastinha και ο Mestre Bimba.
Το 2014 ανακηρύχτηκε από την UNESCO ως Άυλη Πολιτιστική Κληρονομιά της Ανθρωπότητας σε μια προσπάθεια διατήρησης της παράδοσης και της ιστορίας της.